微生物とは、人の肉眼では構造が判別できないような微小な生物を指す言葉である。体躯が微小であるとの理由のみで区分されたるめ、分類上は、極めて広範囲にわたる分類群を含む。むしろ、微生物でないのは大型多細胞生物だけであり、植物界、それに動物界とクロミスタ界の中にしか存在しないとも言える。
微生物は原核生物（真正細菌、古細菌）のみならず、真核生物（藻類、原生生物、菌類、粘菌）や、ワムシのようなごく小型の動物も含まれる。なお、菌類などでは肉眼的なコロニーを作るものであっても、カビのように、その体の構成単位が顕微鏡的大きさであるものは、微生物として扱われる。
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